Une crypte mérovingienne et 125 sarcophages très bien conservés ont été découverts dans les vestiges de l'église funéraire de l'abbaye de Luxeuil-les-Bains (fondée en 590 par saint Colomban), l'une des plus importantes d'Europe du VIIe au Xe siècle.
Le chantier de fouilles de l'église Saint-Martin, d'une surface de 650 m², a permis la découverte d'une concentration de sarcophages inégalée dans l'Est de la France. " Ils sont très bien conservés, in situ, avec encore leur couvercle de pierre ", a indiqué Sébastien Bully, chercheur au CNRS en charge du chantier. La crypte externe et voûtée, dite de Saint-Valbert, du nom du troisième abbé de Luxeuil, a été mise au jour et est tout aussi bien conservée que les sarcophages, selon le chercheur. Très peu de cryptes de ce type ont été trouvées en France d’après Sébastien Bully.
Les fouilles, commencées en 2008 et prévues jusqu'à fin janvier 2010, ont permis d'établir la succession dans le temps de plusieurs édifices sur le même emplacement : un habitat urbain gallo-romain du IIe siècle, une nécropole païenne au IVe siècle, une basilique paléochrétienne aux Ve-VIe siècles renfermant une partie des sarcophages, et ensuite la " crypte de Saint-Valbert " de 670. Reconstruite et modifiée au cours des années qui ont suivi, l'église fut finalement détruite pendant la Révolution, en 1797.
Une demande de protection au titre des Monuments Historiques a été déposée mi-décembre et la valorisation de ce patrimoine dans un musée de site est en projet.